Po ukončení fakulty nastúpil na renomované pracovisko Kliniky detskej onkológie FN Motol. V tomto období MUDr. Pavel Boček ošetroval ťažko choré deti na oddelení ambulancie, či na transplantačnej jednotke. V roku 1998 sa kvalifikoval na štipendijný pobyt v USA usporiadaný americkou vládou – Fulbright Fellowship na University od Minnesota.
Na University of Minnesota sa ďalej zaoberal problematikou onkologickou, ale tiež pohotovostnou medicínou a problematikou a novinkami v estetickej a korektívnej medicíne. Výrazne sa angažoval tiež v otázkach správnej, vecnej a ľudskej komunikácie s pacientmi. V tej dobe zahájil aj svoju širokú činnosť na poli charitatívnom. Dodnes sa aktívne venuje občianskemu združeniu Sluneční paprsek, ktoré sa venuje deťom s onkologickými, či inými závažnými ochoreniami a deťom z detských domovov a usporadúva pre ne ozdravné pobyty u nás i v zahraničí.
Po návrate do Českej republiky sa MUDr. Boček vrátil do FN Motol, kde je uznávaným špecialistom a odborníkom dodnes.
Súbežne tiež pracuje pre organizácie, ktoré zastrešujú nadštandardný zdravotnícky servis pre zahraničných turistov, hercov a významné osobnosti pri návšteve v Českej republike. MUDr. Pavel Boček tak ošetroval napríklad aj Brucea Willisa, Susan Sarandon či Heidi Klum, ale je tiež vyhľadávaným odborným konzultantom estetickej medicíny medzi poprednými českými podnikateľmi, politikmi a známymi českými osobnosťami.
